Vaniköy Camisi 'nin olduğu bölge, Osmanlı padişahlarından 4. Mehmed tarafından bir Türk köyü kurması için şehzadelerinin hocası Vani Mehmed Efendi'ye bağışlandı.

Bu bölge Vani Mehmed Efendi 'ye ait olması nedeniyle "Vani'nin köyü" manasında Vaniköy olarak anılırken, Vani Mehmed Efendi , semte medrese, çeşme, çok sayıda yalı yaptırdı, semtin en bilinen yapısı olan Vaniköy Camisi ise 1665'te inşa edildi.

1. Mahmud tarafından 18'inci yüzyılda camiye, hünkar mahfili ve kasrı eklettirilen ve yıllar içinde padişahların uğrak yeri olan Vaniköy Camisi , 15 Kasım 2020'de meydana gelen yangında büyük hasar gördü.